明嘉靖年间，朝廷被严党把持，内部朝政腐败，沿海倭寇横行，明朝危在旦夕。南京城内，南京总兵程肃之子程闻道天资聪慧、少年得志，本欲与青梅竹马的郡王府郡主李蓁蓁喜结良缘，然而，这一文一武两家的联姻，却引起了朝廷高官明德的恐惧。
于是，明德设计提拔程闻道的结拜弟兄高剑雄，并假传圣旨将程闻道一家灭门。心存愧疚的高剑雄放了程闻道一条生路，但两人从此结怨。重伤的闻道被少林僧人救回少林药局救治，一段关于“禅、武、医”的问道故事就此展开。
一个名叫“了心”的小和尚一直在扫院子，这时一位师太过来，找院里的老和尚借无常院做她的圆寂之处。老和尚怔住，想起他与师太已经结识六十余载，于是，时间回到了四十年前的嘉靖年间。一群锦衣卫正在追杀围剿南京总兵程肃及其家人，这时将军高剑雄出现，大喊让程肃交出兵符，而这个高剑雄和程肃的二儿子——程闻道，还有杨秀，是结拜三兄弟。侍卫押出被割了舌头的程肃的大儿子——程闻钊，以他做威胁。程肃见事情已无回转的余地，于是安排家仆护卫用火雷掩护杨秀和闻道逃离去找李王爷。之后杨秀闻道逃脱，高剑雄追了过去，此时程肃被捕，严党走狗——明德从轿中出来，喊程肃大哥，并声称这都是程肃背叛自己的后果，然后一剑杀了程肃和程闻钊，并安排千户梁五前去猎杀闻道。而梁五赶到正要杀了闻道时，高剑雄一剑射了过去，将闻道射下了悬崖。后来他们去山崖下寻找闻道时，发现一个和尚悄悄带走了受伤昏迷的闻道。赶去的梁五与和尚厮打在一起，高剑雄忽然一剑射来，名为帮忙捉拿和尚，实则是帮助和尚逃脱。明德抓了一个程家的护卫询问情况，护卫坦白，闻道从小身体有病，所以经常有一位少林僧医过来为他看病，于是明德?里有了打算。和尚败火将闻道带回少林，想让方丈帮忙救他，可方丈顾虑闻道是朝廷侵犯，所以并不想救闻道。之后明德带着大军围住了少林寺，从中查找闻道，并去找了败火，还让他帮自己针灸治痨病，言谈间两人原是旧相识，并且明德断定是他救了闻道。方丈过来劝败火交出闻道，剑雄也指出是败火救走了闻道。于是败火承认是他救了闻道，可是闻道死了，并将他的尸体埋在山野间。这时侍卫来报，整个少林寺搜查遍了，无闻道身影。而里屋渐渐转醒的闻道起身不小心弄出些声响，惊动了外面人，明德让剑雄进屋查看，竟然是一个和尚从床上跌了下来，从而发出的声响。剑雄正要出去时，忽然一滴血从房梁上滴下来，原来闻道是藏在屋内的房梁上，而剑雄却不动声色的出去了。没有搜到闻道，败火又一口咬定闻道已死，明德只能带着兵马出了少林寺。可是明德似乎又看出了一切，对剑雄说就让闻道自生自灭吧。杨秀让人抬着一口棺材来到荣亲王府，李王爷和小姐出来看望，杨秀向王爷禀告程家亡了的消息，并提醒王爷当年和程家结盟联姻，共抗严党的誓言。闻道仍旧昏迷着，三个和尚在旁边照料着闻道。败火劝着方丈去救闻道，方丈提出除非有观海大师的法旨才能出手救他。
